织田·忍者和明智·忍者曾共同为真忍者幕府作战，平息叛乱，后来野心膨胀的织田·忍者组建火绳枪部队谋反，依靠自己强大的影武者·术与空手道征战四方，并打算用茶道驱动钢铁堡垒安土城攻向京都。明智·忍者发动本能寺之变，依靠自己的桔梗·术和空手道将织田·忍者逼迫到切腹的程度，忍术的余波烧毁了本能寺，但明智也被放逐到地狱去。最终旧幕府倒台，胜利果实被丰臣秀吉和德川家康所夺取，迎来了一段相对和平的时代。明智光秀在京都的本能寺中起兵谋反，杀害其主君织田信长。